El anime sigue el argumento del manga con sólo algunas modificaciones menores, como suavizar las lesiones y restar algo de fuerza a los combates, así como la extensión de algunas partes que en el manga sólo se mencionan. La historia en el anime ha sido dividida hasta el momento en dos partes, la primera llamada simplemente Naruto, iniciada el 3 de octubre de 2002, y la segunda, que inició su emisión el 15 de febrero de 2007, recibiendo el nombre de Naruto: Shippūden (Naruto: Crónicas del Huracán), que relata la segunda parte del manga.

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